（一）增值稅發(fā)票問題
1、自本地區(qū)試點(diǎn)實(shí)施之日起，試點(diǎn)地區(qū)增值稅一般納稅人從事增值稅應(yīng)稅行為（提供貨物運(yùn)輸服務(wù)除外）統(tǒng)一使用增值稅專用發(fā)票和增值稅普通發(fā)票，一般納稅人提供貨物運(yùn)輸服務(wù)統(tǒng)一使用貨物運(yùn)輸業(yè)增值稅專用發(fā)票和普通發(fā)票。
2、試點(diǎn)地區(qū)提供港口碼頭服務(wù)、貨運(yùn)客運(yùn)場站服務(wù)、裝卸搬運(yùn)服務(wù)以及旅客運(yùn)輸服務(wù)的一般納稅人可以選擇使用定額普通發(fā)票。
3、試點(diǎn)地區(qū)從事國際貨物運(yùn)輸代理業(yè)務(wù)的一般納稅人，應(yīng)使用六聯(lián)增值稅專用發(fā)票或五聯(lián)增值稅普通發(fā)票，其中第四聯(lián)用作購付匯聯(lián)；從事國際貨物運(yùn)輸代理業(yè)務(wù)的小規(guī)模納稅人開具的普通發(fā)票第四聯(lián)用作購付匯聯(lián)。
4、納稅人于本地區(qū)試點(diǎn)實(shí)施之日前提供改征增值稅的營業(yè)稅應(yīng)稅服務(wù)并開具發(fā)票后，如發(fā)生服務(wù)中止、折讓、開票有誤等，且不符合發(fā)票作廢條件的，應(yīng)開具紅字普通發(fā)票，不得開具紅字專用發(fā)票和紅字貨運(yùn)專用發(fā)票。對于需重新開具發(fā)票的，應(yīng)開具普通發(fā)票，不得開具專用發(fā)票和貨運(yùn)專用發(fā)票。
（二）稅負(fù)問題
仍有部分服務(wù)業(yè)企業(yè)反映稅負(fù)增加。調(diào)查中發(fā)現(xiàn)，有35.9%的受訪企業(yè)反映稅負(fù)增加。交通運(yùn)輸業(yè)和鑒證咨詢服務(wù)業(yè)受影響較大，有58.6%的交通運(yùn)輸業(yè)受訪企業(yè)稅負(fù)增加。43.4%的信息技術(shù)服務(wù)業(yè)、文化創(chuàng)意服務(wù)業(yè)、鑒證咨詢服務(wù)業(yè)受訪企業(yè)稅負(fù)增加。這些企業(yè)原本營業(yè)稅稅率為5%，“營改增”后，增值稅稅率為6%。
（三）對財(cái)務(wù)分析的影響
例如，按照當(dāng)前的會計(jì)準(zhǔn)則，損益表中“主營業(yè)務(wù)收入”核算的金額是含營業(yè)稅的“含稅收入額”，而營改增后“主營業(yè)務(wù)收入”核算的內(nèi)容就應(yīng)該是不含增 值稅的“稅后收入額”，假設(shè)實(shí)際稅負(fù)變化不大，即使凈收益數(shù)據(jù)的絕對水平不受很大影響，企業(yè)的利潤率（利潤/主營業(yè)務(wù)收入）數(shù)值會由于主營業(yè)務(wù)收入額的減 少而上升。
此外增值稅不反映在損益表中，在賬務(wù)處理上也與現(xiàn)行營業(yè)稅的記賬方法不同，都會影響企業(yè)財(cái)務(wù)報(bào)表的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，從而影響企業(yè)的財(cái)務(wù)分析數(shù)據(jù)。
（四）企業(yè)所得稅問題
稅前扣除項(xiàng)目減少
1、可扣除的流轉(zhuǎn)稅減少
“營改增”之前，企業(yè)繳納的營業(yè)稅可以在企業(yè)所得稅稅前全額扣除?！盃I改增”之后，企業(yè)繳納增值稅不能在稅前扣除，應(yīng)納稅所得額增加。這是“營改增”對企業(yè)所得稅最明顯，也是最簡單的影響。
2、可扣除的成本費(fèi)用減少
“營改增”之前，企業(yè)支付的運(yùn)費(fèi)或其他勞務(wù)費(fèi)用，可以作為企業(yè)的成本費(fèi)用在稅前扣除?！盃I改增”之后，企業(yè)支付的運(yùn)費(fèi)或其他勞務(wù)費(fèi)用，由于可以抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，包含進(jìn)項(xiàng)稅額的那部分，就不能再作為成本費(fèi)用在企業(yè)所得稅前扣除。
3、購進(jìn)固定資產(chǎn)計(jì)稅基礎(chǔ)的變化
“營改增”還會帶來購進(jìn)固定資產(chǎn)計(jì)稅基礎(chǔ)的變化。比如交通運(yùn)輸業(yè)，原來按照3%稅率繳納營業(yè)稅，現(xiàn)在按照11%稅率繳納增值稅，但購進(jìn)的運(yùn)輸汽車、汽油等生產(chǎn)工具和原料可以抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。
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